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Ateliers de l'Inserm

Depuis plus de 30 ans, les Ateliers de l’Inserm permettent à la communauté scientifique nationale et internationale, de découvrir et d’échanger autour des technologies et thématiques émergentes en sciences de la vie et de la santé.

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+ OBJECTIFS

+ PUBLIC

L’Inserm organise chaque année des rencontres scientifiques dédiées aux sciences de la vie et de la santé, appelées Ateliers de l’Inserm. Ces ateliers ont pour vocation d’accompagner la communauté scientifique dans la découverte, la compréhension et l’appropriation de technologies et de thématiques émergentes

+ ANIMATIONS

+ déroulement

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Unlocking the Potential of Epi- transcriptomics: A Cutting-Edge Training Course

289

June 8-10, 2026

Bordeaux

Organ on chip: technologies, applications & new challenges for personalized medicine

290

Bordeaux

October 5-7, 2026

New methods to image inflammation and the immune response

288

May 27-29, 2026

Bordeaux

Modern methods in molecular parasitology

292

November 4-6, 2026

Montpellier

Multiparametric Cytometry Dat Analysis: Stairway to High-Content

291

October 5-7, 2026

Montpellier

293

Machine learning methods for collecting and analyzing behavioral data

January 18-20, 2027

Deadline: July 3, 2026

Deadline: March 6, 2026

Deadline: February 27, 2026

Deadline: July 3, 2026

Deadline: July 3, 2026

Deadline: July 3, 2026

Montpellier

Ensavoir+

Ensavoir+

Ensavoir+

Ensavoir+

Ensavoir+

Ensavoir+

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Fabien CHAUVEAU(CNRS CERMEP, Lyon), Maxime GAUBERTI(Université de Caen Normandie), Sara MARTINEZ DE LIZARRONDO(INSERM U1237, Caen) & Marlène WIART (CarMeN IRIS, Lyon)

288

New methods to image inflammation and the immune response

PHASE I THEORETICAL

27-29 may 2026

Bordeaux

programme

tarifs

The aim of this workshop is to disseminate knowledge and know-how on in vivo molecular imaging of inflammation and the immune response. The focus will be on preclinical and translational imaging in the context of neurological, cardiovascular and autoimmune diseases.

PHASE II PRACTICAL

June, 9-12 - 2026

Caen

Modalités

INFOS

tarifs

May 27-29, 2026

Deadline: February 27, 2026

inscription

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Programme Atelier 288

Thu 28th May

Wed 27th May

Fri 29th May

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Marche à suivre pour l'inscription via Eva

inscription

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289

Unlocking the Potential of Epitranscriptomics: A Cutting-Edge Training Course

Alexender DAVID (IRCM, Montpellier), Yuri MOTORIN(IMoPA, Vandoeuvre-lès-Nancy), & Eric RIVALS (LIRMM, Montpellier)

PHASE I THEORETICAL

June 8-10, 2026

Bordeaux

programme

tarifs

This training course will train researchers for essential knowledge in epitranscriptomics, covering RNA modification fundamentals, case studies in biological or medical contexts, and cutting-edge tools such as RNA sequencing (short and long read) and mass spectrometry.

PHASE II PRACTICAL

Nancy & Montpellier

June, 17-20, 2026

Modalités

INFOS

tarifs

June 8-10, 2026

Deadline:March 6, 2026

inscription

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Programme Atelier 289

Tue 9th Jun

Mon 8th Jun

Wed 10th Jun

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inscription

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The aim of this 2-step workshop is first to provide to the French scientific community an overview of the latest advances in the field of organ-on-chip, from general introduction to recent advancements regarding pathophysiology research (metabolic processes/neuroscience/cancer/infection/immunity) including biosensors’ integration.

Benoît CHARLOT(CNRS UMR 5214, Montpellier), Alexandre GRASSART(INSERM U1019, Lille), Emily TUBBS(CEA, Grenoble)

290

Organ on chip: technologies, applications and new challenges for personalized medicine

PHASE I THEORETICAL

october 5-7,2026

Bordeaux

programme

tarifs

PHASE II PRACTICAL

November 2-6, 2026

Lille & Montpellier

Modalités

INFOS

tarifs

October 5-7, 2026

Deadline: July 3, 2026

inscription

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Programme Atelier 290

Tue 6th Oct

Mon 5th Oct

Wed 7th Oct

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inscription

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291

Multiparametric Cytometry Data Analysis: Stairway to High-Content

High-content cytometry enables large-scale, single-cell proteomics with 40+ markers. We will cover key data processing steps—QC, normalization, batch correction, dimensionality reduction, clustering, annotation, and integration—through expert talks, round-tables, and software solutions with the aim to build a collective consensus and knowledge around high-content cytometry data analysis.

Antonio COSMA (Luxembourg Institute of Health, Esch-sur-Alzette, Aïda MEGHRAOUI I(AMK Biotech, Valbonne), & Olivier MOLENDI-COSTE (US41-PLBS, Institut Pasteur, Lille)

PHASE I THEORETICAL

October 5-7, 2026

Montpellier

programme

tarifs

PHASE II PRACTICAL

November, 16-18, 2026

Luxemourg Lille Paris Marseille

Modalités

INFOS

tarifs

November 4-6, 2026

Deadline: July 3, 2026

inscription

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Programme Atelier 291

Tue 6th Oct

Mon 5th Oct

Wed 7th Oct

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inscription

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A beyond-state-of-the-art overview of advanced RNA/DNA sequencing, microscopy, protein characterization, and host-parasite interaction screens, tailored for application in molecular parasitology research. Participants will gain knowledge, practical advice, and a network to apply these methods to their own research questions.

Sebastian BAUMGARTEN & Jessica BRYANT (Institut Pasteur, Paris), Eva KOWALINSKI(EMBL, Grenoble), & Christopher SWALE (Institute for Advanced Biosciences, Grenoble)

292

Modern methods in molecular parasitology

PHASE I THEORETICAL

November 4-6, 2026

Montpellier

programme

tarifs

PHASE II PRACTICAL

December, 8-11, 2026 November 30-4, 2026 December 2-4, 2026

Modalités

Paris

Grenoble

INFOS

tarifs

June 8-10, 2026

Deadline:March 6, 2026

inscription

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Programme Atelier 292

Thu 5th Nov

Wed 4th Nov

Fri 6th Nov

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inscription

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A beyond-state-of-the-art overview of advanced RNA/DNA sequencing, microscopy, protein characterization, and host-parasite interaction screens, tailored for application in molecular parasitology research. Participants will gain knowledge, practical advice, and a network to apply these methods to their own research questions.

Sebastian BAUMGARTEN & Jessica BRYANT (Institut Pasteur, Paris), Eva KOWALINSKI(EMBL, Grenoble), & Christopher SWALE (Institute for Advanced Biosciences, Grenoble)

292

Modern methods in molecular parasitology

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November 4-6, 2026

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PHASE II PRACTICAL

December, 8-11, 2026 November 30-4, 2026 December 2-4, 2026

Paris

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June 8-10, 2026

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Deadline:March 6, 2026

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Programme Atelier 292

Thu 5th Nov

Wed 4th Nov

Fri 6th Nov

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Présentation du CSA

Le Comité Scientifique des Ateliers (CSA) est composé de scientifiques issues de différents organismes de recherche et relevant des disciplines des sciences du vivant. Il est garant de la pertinence et de la qualité scientifique des projets, tout en veillant à ce qu’ils répondent pleinement aux objectifs des Ateliers.

+ MISSIONS

+ MEMBRES

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CSA

Membres du CSA

BenoitBallester

VéroniqueDeroche-Gamonet

BertrandDubois

JérémyDufourt

AurélienBancaud

Jan Kadlec

SebasteinLamy

EvaKowalinski

Anne Galinier

HélèneJacqmin- Gadda

HervéLuche

MaxMaurin

LaurentVenance

Anne-Louise Leutenegger

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CSA

Appel à projet

Vous avez une idée de projet d’Atelier pour le programme 2028 ? Nous vous invitons à nous soumettre votre proposition. Les Ateliers de l’Inserm soutiennent des initiatives visant à développer des technologies et thématiques scientifiques émergentes et à favoriser les échanges au sein de la communauté scientifique. Votre projet sera évalué par le Comité Scientifique des Ateliers (CSA), qui vérifiera sa cohérence et son alignement avec les objectifs du dispositif.

Nous vous invitons à remplir la fichepré-projet ci-dessous avant le 31 décembre 2026.

fiche pré-projet

pouquoi candidater ?

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Historique des Ateliers

Depuis 1987, l’Inserm organise des Ateliers pour rassembler la communauté scientifique autour de thématiques et de technologies émergentes. Ces rencontres sont devenues un lieu privilégié d’échanges, de collaboration et d’innovation, où les chercheurs peuvent partager leurs idées, découvrir de nouvelles approches et créer des ponts entre disciplines.

2025...

20222024

20182021

20152017

Pour explorer toutes les thématiques présentées au fil des années, téléchargez ci-dessous la fiche retraçant l’historique des Ateliers.

HISTORIQUE DEPUIS 1987

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CSA

Nous contacter

Sandrine MATHURINE

Raouya GALLOUB

INSERMDépartement des ressources humainesPôle National des Formations 101 rue de Tolbiac 75654 Paris Cedex 13

The participants will learn all the steps involved in an immuno-imaging experiment for MRI, MPI and photoacoustic imaging in rodents. This includes contrast agent synthesis, design of in vivo experiments (brain, heart, lungs and intestinal imaging), methods of tracer administration and image analysis. Therefore, the participants will synthetize their own targeted contrast agent, perform immuno-imaging in experimental models using the contrast agent that they synthetized, and analyze the images that they acquired. This hands-on experience will provide a comprehensive understanding of the entire immuno-imaging workflow. SELECTION: 8 trainees will be selected among Phase I participants.

programme PHASE II

+ PUBLIC

Les Ateliers sont ouverts aux personnels des secteurs public et privé, en France comme à l’international. Ils s’adressent principalement aux chercheurs, scientifiques, ingénieurs, techniciens et médecins impliqués dans la recherche en sciences de la vie et de la santé.

• Personnels du secteur public et du secteur privé, en France comme à l’étranger
• Principalement destinés à des chercheurs, des scientifiques, des techniciens et des médecins…

Wendesday November, 4th 2026

Reception of participants

15:30 - 16:00

16:00 - 16:15

Welcome and presentation by the organizers

SESSION I

overview lecture

16:15 - 17:00

Parasitology all the way: Studying parasite biology from the organism level to the molecular detail Luísa FIGUEIREDO (Gulbenkian Institute for Molecular Medicine, Lisbon, PRT)

17:00 - 17:30

Coffee break

Exploration of chromatin organizationJessica BRYANT (Institut Pasteur, Paris, FRA)

17:30 - 18:15

18:15 - 19:00

Sequencing methods to study DNA replication Ana-Rita GOMES (CNRS, Montpellier, FRA)

19:30

Dinner

19:30

Dinner

Jérémy DUFOURT

Chercheur

UMR 9004 – CNRS / UM - Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM) - Montpellier

FIRST NAME and LAST NAME

COURSE 20xx/20xx

Did you know that Genially allows you to share your creation directly, without the need for downloads? Ready for your audience to view it on any device and promote it anywhere.

TARIF PHASE II

Si vous souhaitez participer à la phase pratique (phase II), vous devez obligatoirement suivre la phase théorique (phase I).• Employeur Inserm : 80 € / jour • Personnel du secteur public ou académique : 130 € / jour • Personnel du secteur industriel : 250 € / jour Les frais d'inscription de la phase II n'incluent pas les frais de mission (transport, hébergement et restauration). RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l'Inserm, la phase II (frais d'inscription, de transport, d'hébergement et de restauration) peut être prise en charge par la formation continue de l'inserm. Après confirmation de votre participation à la phase II, nous vous invitons à contacter la Responsable Formation de votre Délégation Régionale.

WORKSHOP 1 : Montpellier The aim of these practical sessions will be to learn how to manufacture and prepare microfluidic circuits and microelectrode arrays in a clean room, then to use these devices in experiments studying blood flow and electrophysiology with cardiomyocytes. Participants will spend three days in clean rooms learning lithography techniques using SU8 photoresists on silicon, followed by the production of microfluidic circuits in PDMS bonded to glass. They will also participate in the manufacture of MEAs (microelectrode arrays) using lift-off and plasma etching techniques. One day will be devoted to microfluidics experiments, studying blood flow under a microscope using replicas of vascular networks, and finally one day will be dedicated to recording electrical activity on cardiomyocytes cultured on MEAs. WORKSHOP 2 : Lille The Phase II hands-on workshop offers a comprehensive introduction to the fabrication of a human gut-on-chip. Participants will 3D-print the required molds, fabricate the PDMS chip using soft lithography, and then culture an intestinal epithelium under microfluidic flow conditions mimicking physiological cues. The training will conclude with functional analyses, including optical microscopy and permeability measurements. In summary, participants will go through all key steps of prototyping, cell culture, and experimental validation of a gut-on-chip model. SELECTION: 6 trainees for Lille and 10 trainees for Montpellier will be selected among Phase I participants.

programme PHASE II

Programme PHASE II

Modalités d'inscription

Cliquez sur "INSCRIPTION" puis identifiez-vous Agent Inserm : email inserm et Mot de passe Non Inserm : créer votre compte d’acces Completer le formulaire d’inscription avant la date limite. Après cette date limite, vous recevrez un mail dans les 15 jours vous indiquant si vous êtes retenu ou non. • En cas d’acceptation de votre demande, vous devrez nous renvoyer votre dossier administratif accompagné du règlement des frais d’inscription. • A réception de votre dossier complet, vous recevrez une confirmation d’inscription validant votre participation de manière définitive. RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l’Inserm : • La phase I est prise en charge sur le budget de fonctionnement de l’unité. • La phase II peut être prise en charge par la formation continue de l’Inserm.

Bertrand DUBOIS

Directeur de chercheur

Inserm U1052 - Centre de Recherche en Cancerologie de Lyon (CRCL) - Lyon

The aim of the practical workshops will be to explore different aspects of high-content cytometry data analysis with experts in the field, and to train young researchers for future implementation in their practice. The principle, the workflow, interpretation and comparison of each process/tool will be discussed. “Control and push the limits of unsupervised analysis” 1 “Dimension reduction and clustering pipelines and available tools” 2 “Automated supervised pipelines with OpenCyto and FowDensity” 2 “Full analysis pipeline supported by Business Intelligence tools” 1 1: experience in conventional data analysis required; 2: minimal experience in R required. SELECTION: 44 trainees (8 for Luxembourg, 12 for Lille, 12 for Paris & 12 for Marseille) will be selected among Phase I participants.

programme PHASE II

2025

282 - Bonnes pratiques et avancées récentes en analyses causales 283 - Tomographie cryo-électronique : connecter les échelles du vivant 284 - Dernières avancées dans l'imagerie embarquée de l'activité neuronale chez le petit animal 285 - Le sucre et la vie : émergence de la glycobiologie en santé et physiopathologie 286 - Impact des approches spatiales multi-omiques pour la recherche fondamentale et clinique 287 - Lipidomique : principes et application dans le domaine de la santé

Modalités d'inscription

Cliquez sur "INSCRIPTION" puis identifiez-vous Agent Inserm : email inserm et Mot de passe Non Inserm : créer votre compte d’acces Completer le formulaire d’inscription avant la date limite. Après cette date limite, vous recevrez un mail dans les 15 jours vous indiquant si vous êtes retenu ou non. • En cas d’acceptation de votre demande, vous devrez nous renvoyer votre dossier administratif accompagné du règlement des frais d’inscription. • A réception de votre dossier complet, vous recevrez une confirmation d’inscription validant votre participation de manière définitive. RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l’Inserm : • La phase I est prise en charge sur le budget de fonctionnement de l’unité. • La phase II peut être prise en charge par la formation continue de l’Inserm.

Benôit BALLESTER

Chercheur

LInserm U1090 - Theories and Approaches of Genomic Complexity (TAGC) - Marseille

Friday May, 29th 2026

SESSION 4

Ex vivo / Image analysis / Translational hurdles

08:30 - 09:15

Ex vivo Imaging : X-Rays Greet KERCKHOFS (Catholic University of Louvain, Belgium)

09:15 - 10:00

AI for immuno-imaging Hugo DOREZ (HawkCell, Lyon, France)

10:00 - 10:30

Coffee break

10:30 - 15:00

Super-resolution ultrasound imaging: from mice to humans Mathieu PERNOT (Institute Physics for Medicine Paris, France)

11:15 - 12:00

ROUND TABLE: Translational Hurdles for Immuno-imaging in humans

12:00 - 14:00

Lunch

14:00

Departure

One or two poster sessions are planned; the exact format will be determined basedon the number of poster presenters.

Thursday November, 5th 2026

SESSION 3

Imaging across scales

SESSION 1

...AND RNA

Correlative imaging technologies Freddy FRISCHKNECHT (University of Heidelberg, DEU)

14:00 - 14:45

Detection of RNA modifications Schraga SCHWARTZ (Weizmann Institute of Science, Rehovot, ISR)

09:00 - 9:45

14:45 - 15:30

Advanced expansion microscopy Susanne KRAMER (University of Würzburg, DEU)

09:45 - 10:30

Single-cell transcriptomics of different developmental life stages Arthur TALMAN (IRD, Montpellier, FRA)

15:30 - 16:00

Coffee break

10:30 - 11:00

Coffee break

16:45- 17:30

Combining structural biology methods in parasitology Eva KOWALINSKI (European Molecular Biology Laboratory, Grenoble, FRA)

SESSION 2

The functional proteome

11:00 - 11:45

Phosphoproteomics in signaling cascades Moritz TREEK (Gulbenkian Institute for Molecular Medicine, Oeiras, PRT)

17:30 - 18:15

Studies of liquid-liquid phase separation Joana CORREIRA FARIA (University of York, UK)

19:00 - 20:00

Cocktail

11:45 - 12:30

Functional screening with base editorsTom BENEKE (University of Würzburg, DEU)

20:00

Dinner

12:30 - 14:00

Lunch

TARIF PHASE I

Les frais d'inscription pourront uniquement être acquittés par : • Transfert de coût sur le logiciel SIFAC+ (pour les personnes travaillant dans une structure Inserm) • Bon de commande • Virement bancaire • Paiement en ligne

Les frais de transport restent à votre charge.

Avec hébergement Chambre double**2 nuits

Avec hébergement Chambre simple2 nuits

Sanshébergement *

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans une structure Inserm

700 €

560 €

350 €

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans un autre établissement(CNRS, Institut Curie, Hôpital, Université, Institut Pasteur, CEA, INRA)

810 €

460 €

670 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

160 €

510 €

370 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

1 000 €

1 350 €

1 210 €

* Les frais d'inscription incluent uniquement la restauration (déjeuners et diners).** Chambre partagée avec un autre participant.

Modalités d'inscription

Cliquez sur "INSCRIPTION" puis identifiez-vous Agent Inserm : email inserm et Mot de passe Non Inserm : créer votre compte d’acces Completer le formulaire d’inscription avant la date limite. Après cette date limite, vous recevrez un mail dans les 15 jours vous indiquant si vous êtes retenu ou non. • En cas d’acceptation de votre demande, vous devrez nous renvoyer votre dossier administratif accompagné du règlement des frais d’inscription. • A réception de votre dossier complet, vous recevrez une confirmation d’inscription validant votre participation de manière définitive. RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l’Inserm : • La phase I est prise en charge sur le budget de fonctionnement de l’unité. • La phase II peut être prise en charge par la formation continue de l’Inserm.

2017

2016

2015

238 - Méthodes avancées de lutte contre la résistance des bactéries aux antibiotiques -ANNULE 239 - CRISPR-Cas9: Breakthroughs and Challenges 240 - Capturing chromosome conformation: towards a 3D view of genome regulation 241 - Live imaging of morphogenesis in 4D: probes, microscopy techniques and quantification 242 - Mixed Methods applied to health research – New issues in the big data context 243 - Small animal imaging

244 - Methodological challenges for drug surveillance 245 - Enhancer structure and function 246 - Management and reuse of health data: methodological issues 247 - Flow, mass, spectral cytometry and analysis tools for mutliparametric data analysis 248 - Use of next generation sequencing data in the study of human diseases: statistical methods and applications

232 - Methodologies and Experimental Strategies in Angiogenesis Research 233 - Intestinal microbiota : from bench to bedside 234 - Network meta-analysis 235 - Single Cell Sequencing: from basic research to clinical application 236 - Big Data in clinical research 237 - New trends in super-resolution optical microscopy: unraveling the ultra-structure and dynamics of molecular assemblies in cells and tissues

SESSUIN 3

Multimodal approaches to image inflammation and the immune response

Thusday May, 28th 2026

PET and SPECT imaging of inflammation Hervé BOUTIN (iBRAIN, Tours, France)

14:00 - 14:30

SESSUIN 2

Immuno-MRI and Immune-cell tracking

14:30 - 15:00

Immuno-PET of immune cell trafficking Charles TRUILLET (BioMaps, Orsay, France)

08:30 - 09:15

Cell labeling, tracking and imaging by MRI Florence GAZEAU (CNRS, Paris, France)

15:00 - 15:30

SPECT of vascular inflammation Alexis BROISAT (INSERM UMRS1039, Grenoble, France)

09:15 - 10:00

Immuno-MRI : particle synthesis, margination and targeting Maxime GAUBERTI (Université de Caen Normandie, France)

15:30 - 16:00

Coffee break

16:00 - 16:30

Immuno-MPI of systemic inflammation Swannie PEDRON (INSERM U1237, Caen, France

10:00 - 10:30

Coffee break

10:30 - 11:00

MRI markers of neuroinflammation after stroke Rick DIJKHUIZEN (University Medical Center Utrecht, Netherlands)

16:30 - 17h00

Multi-modal Imaging of cardiac fibrosis Alkystis PHINIKARIDOU (King’s College London, United Kingdom)

11:00 - 11:30

MRI of cardiovascular inflammation Uwe HIMMELREICH (KU Leuven, Leuven, Belgium)

17:00

19F-MRI of neuroinflammation Sonia WAICZIES (Berlin Ultrahigh Field Facility, Berlin, Germany)

11:30 - 12:00

MRI of intestinal inflammation Mariane LE FUR (Harvard, Boston, USA)

19:30 - 20h15

Cocktail

12:00 - 14:00

Lunch

20:15

Dinner

One or two poster sessions are planned; the exact format will be determined based on the number of poster presenters.

POURQUOI CANDIDATER ?

• Valoriser votre thématique auprès de la communauté scientifique.

• Bénéficier d’un accompagnement scientifique et logistique pour votre projet.

• Contribuer à favoriser les échanges et la collaboration au sein de la communauté scientifique.

2024

2023

2022

277 - Méthodes de méta-recherche : comment améliorer les pratiques de recherche278 - Epigénétique en santé : le point sur les maladies rares 279 - Phagothérapie : Concepts et Applications - ANNULE 280 - Exploiter le potentiel des Nanobodies® : d’outils de recherche à agents thérapeutiques 281 - Données génomiques massives : avancées statistiques et bioinformatiques

271 - Utiliser l’apprentissage automatique pour prédire les structures de protéine dans vos recherches 272 - Les microbiotes – de l’exploration à l’application thérapeutique 273 - Applications thérapeutiques des vésicules extracellulaires 274 - Essais randomisés en cluster et essais randomisés intra patient : aspects statistiques, pratiques et éthiques 275 - Métabolisme à l’échelle de cellule unique 276 - Nouvelles méthodes d’apprentissage automatique pour l’analyse comportementale des animaux et des humains

263 - Opto-biologie, senseurs et actuateurs pour disséquer la signalisation du vivant267 - Protéines membranaires en systèmes reconstitués : des dernières avancées de la recherche fondamentale aux applications thérapeutiques 268 - Microscopie à Feuille de Lumière : Principes et présentations des systèmes 269 - Methodes d’etude et d’analyse des interactions cellulaires in situ par imagerie hautement multiparamétrique 270 - Photopharmacologie : contrôle des protéines avec des interrupteurs photochimiques synthétiques

Phase II will provide deep practical insights into two key methodologies: RNA modification mapping using short-read RNA sequencing and RNA modification quantification via mass spectrometry. This phase aims to provide tailored support to participants looking to integrate these techniques into their own research. SELECTION: 10 trainees will be selected for each city among Phase I participants.

programme PHASE II

2017

2016

2015

238 - Méthodes avancées de lutte contre la résistance des bactéries aux antibiotiques -ANNULE 239 - CRISPR-Cas9: Breakthroughs and Challenges 240 - Capturing chromosome conformation: towards a 3D view of genome regulation 241 - Live imaging of morphogenesis in 4D: probes, microscopy techniques and quantification 242 - Mixed Methods applied to health research – New issues in the big data context 243 - Small animal imaging

244 - Methodological challenges for drug surveillance 245 - Enhancer structure and function 246 - Management and reuse of health data: methodological issues 247 - Flow, mass, spectral cytometry and analysis tools for mutliparametric data analysis 248 - Use of next generation sequencing data in the study of human diseases: statistical methods and applications

232 - Methodologies and Experimental Strategies in Angiogenesis Research 233 - Intestinal microbiota : from bench to bedside 234 - Network meta-analysis 235 - Single Cell Sequencing: from basic research to clinical application 236 - Big Data in clinical research 237 - New trends in super-resolution optical microscopy: unraveling the ultra-structure and dynamics of molecular assemblies in cells and tissues

Eva KOWALINSKI

Responsable d'équipe de recherche

IEuropean Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Grenoble

Friday November, 6th 2026

SESSION 4

Host-parasite interactions

09:15 - 10:00

CRISPR tools for host-pathogen interactions in Malaria Ellen BUSHELL (Umea University, SWE)

10:00 - 10:30

Coffee break

10:30 - 11:15

CRISPR tools for the identification of host factorsAdam SATERIALE (Francis Crick Institute, London, UK)

11:15 - 12:00

Molecular parasitology from a clinician’s perspective Valentin GREIGERT (University of Reims, FRA)

12:00 - 12:45

Molecular parasitology from a clinician’s perspective Valentin GREIGERT (University of Reims, FRA)

12:00 - 14:00

Lunch

14:00

Departure

2024

2023

2022

277 - Méthodes de méta-recherche : comment améliorer les pratiques de recherche278 - Epigénétique en santé : le point sur les maladies rares 279 - Phagothérapie : Concepts et Applications - ANNULE 280 - Exploiter le potentiel des Nanobodies® : d’outils de recherche à agents thérapeutiques 281 - Données génomiques massives : avancées statistiques et bioinformatiques

271 - Utiliser l’apprentissage automatique pour prédire les structures de protéine dans vos recherches 272 - Les microbiotes – de l’exploration à l’application thérapeutique 273 - Applications thérapeutiques des vésicules extracellulaires 274 - Essais randomisés en cluster et essais randomisés intra patient : aspects statistiques, pratiques et éthiques 275 - Métabolisme à l’échelle de cellule unique 276 - Nouvelles méthodes d’apprentissage automatique pour l’analyse comportementale des animaux et des humains

263 - Opto-biologie, senseurs et actuateurs pour disséquer la signalisation du vivant267 - Protéines membranaires en systèmes reconstitués : des dernières avancées de la recherche fondamentale aux applications thérapeutiques 268 - Microscopie à Feuille de Lumière : Principes et présentations des systèmes 269 - Methodes d’etude et d’analyse des interactions cellulaires in situ par imagerie hautement multiparamétrique 270 - Photopharmacologie : contrôle des protéines avec des interrupteurs photochimiques synthétiques

Wendesday November, 4th 2026

Reception of participants

15:30 - 16:00

16:00 - 16:15

Welcome and presentation by the organizers

overview lecture

16:15 - 17:00

Parasitology all the way: Studying parasite biology from the organism level to the molecular detail Luísa FIGUEIREDO (Gulbenkian Institute for Molecular Medicine, Lisbon, PRT)

17:00 - 17:30

Coffee break

CHOMATIN...

SESSION I

Exploration of chromatin organizationJessica BRYANT (Institut Pasteur, Paris, FRA)

17:30 - 18:15

18:15 - 19:00

Sequencing methods to study DNA replication Ana-Rita GOMES (CNRS, Montpellier, FRA)

19:30

Dinner

TARIF PHASE II

Si vous souhaitez participer à la phase pratique (phase II), vous devez obligatoirement suivre la phase théorique (phase I).• Employeur Inserm : 80 € / jour • Personnel du secteur public ou académique : 130 € / jour • Personnel du secteur industriel : 250 € / jour Les frais d'inscription de la phase II n'incluent pas les frais de mission (transport, hébergement et restauration). RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l'Inserm, la phase II (frais d'inscription, de transport, d'hébergement et de restauration) peut être prise en charge par la formation continue de l'inserm. Après confirmation de votre participation à la phase II, nous vous invitons à contacter la Responsable Formation de votre Délégation Régionale.

TARIF PHASE II

Si vous souhaitez participer à la phase pratique (phase II), vous devez obligatoirement suivre la phase théorique (phase I).• Employeur Inserm : 80 € / jour • Personnel du secteur public ou académique : 130 € / jour • Personnel du secteur industriel : 250 € / jour Les frais d'inscription de la phase II n'incluent pas les frais de mission (transport, hébergement et restauration). RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l'Inserm, la phase II (frais d'inscription, de transport, d'hébergement et de restauration) peut être prise en charge par la formation continue de l'inserm. Après confirmation de votre participation à la phase II, nous vous invitons à contacter la Responsable Formation de votre Délégation Régionale.

Modalités d'inscription

Cliquez sur "INSCRIPTION" puis identifiez-vous Agent Inserm : email inserm et Mot de passe Non Inserm : créer votre compte d’acces Completer le formulaire d’inscription avant la date limite. Après cette date limite, vous recevrez un mail dans les 15 jours vous indiquant si vous êtes retenu ou non. • En cas d’acceptation de votre demande, vous devrez nous renvoyer votre dossier administratif accompagné du règlement des frais d’inscription. • A réception de votre dossier complet, vous recevrez une confirmation d’inscription validant votre participation de manière définitive. RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l’Inserm : • La phase I est prise en charge sur le budget de fonctionnement de l’unité. • La phase II peut être prise en charge par la formation continue de l’Inserm.

Tuesday June, 9th 2026

Title of the présentation Severine Le Gac (University of Twente, NLD)

14:00 - 14:45

14:45 - 15:30

On-chip technologies: towards the study of T1D for graft follow up. Fabrice Navarro (CEA, Grenoble, FRA)

SESSION 2

Organ on chip for studying human physiology

Liver organoids on chip Cecile Legalais (UTC, Compiègne, FRA)

08:30 - 09:15

SESSION 3

Organ on chip for modelling chronic diseases

09:15 - 10:00

Islet on chip with MEA Matthieu Raoux (University of Bordeaux, FRA)

16:00 - 16:45

Brain on chip- Huntington diseaseMaxime Cazorla (Institut de Neurosciences de la Timone, Marseille, FRA)

10:00 - 10:30

Coffee break

10:30 - 11:15

Heart-cardiovascular on chip -ipsc Christine Murmmery (Leiden University, NLD)

16:00 - 16:45

Skeletal muscle dystrophy Pim Pijnappel (Erasmus MC Sophia Children's Hospital, Rotterdam, NLD)

11:15 - 12:00

Kidney on chip for predicting drug toxicology in vitro Franck Halary (CR2TI UMR1064, Nantes, FRA)

17:30 - 18:00

Gut on chip & CancerDanijela Matic Vignjevic (Institut Curie, Paris, FRA)

12:00 - 14:00

Lunch

18:15 - 19:30

Poster Session

19:30 - 20:15

Cocktail

20 - 15

Dinner

TARIF PHASE I

Les frais d'inscription pourront uniquement être acquittés par : • Transfert de coût sur le logiciel SIFAC+ (pour les personnes travaillant dans une structure Inserm) • Bon de commande • Virement bancaire • Paiement en ligne

Les frais de transport restent à votre charge.

Avec hébergement Chambre double**2 nuits

Avec hébergement Chambre simple2 nuits

Sanshébergement *

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans une structure Inserm

700 €

540 €

350 €

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans un autre établissement(CNRS, Institut Curie, Hôpital, Université, Institut Pasteur, CEA, INRA)

810 €

460 €

650 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

160 €

510 €

350 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

1 000 €

1 350 €

1 190 €

* Les frais d'inscription incluent uniquement la restauration (déjeuners et diners).** Chambre partagée avec un autre participant.

Friday October, 7th 2026

SESSION 4

Biological and clinical cytometry data integration

08:30 - 09:15

Cytometry / Omics / Clinics: how to perform integration? Sarah Bonte (VIB, Ghent, BLG)

09:15 - 10:00

Application of cytometry data integration in multiomics analysis Thomas Ashhurst (University of Sydney, AUS)

10:00 - 10:30

Coffee break & Poster session

10:30 - 15:00

Machine learning for integrating clinical and biological dataSamuel Granjeaud (CRCM, Marseille, FRA)

11:15 - 12:00

Panel discussion

12:00 - 14:00

Lunch

14:00

Departure

Anne GALINIER

Directrice de recherche

Laboratoire de Chimie Bactérienne (CNRS) - Marseille

Aurélin BANCAUD

Directeur de recherche

Laboratoire de recherche spécialisé dans l’analyse et l’architecture des systèmes (LAAS-CNRS) - Toulouse

Thursday November, 5th 2026

SESSION 3

Imaging across scales

SESSION 1

...AND RNA

Correlative imaging technologies Freddy FRISCHKNECHT (University of Heidelberg, DEU)

14:00 - 14:45

Detection of RNA modifications Schraga SCHWARTZ (Weizmann Institute of Science, Rehovot, ISR)

09:00 - 9:45

14:45 - 15:30

Advanced expansion microscopy Susanne KRAMER (University of Würzburg, DEU)

10:30 - 11:00

Coffee break

15:30 - 16:00

Coffee break

11:00 - 11:45

Phosphoproteomics in signaling cascades Moritz TREEK (Gulbenkian Institute for Molecular Medicine, Oeiras, PRT)

16:45- 17:30

Combining structural biology methods in parasitology Eva KOWALINSKI (European Molecular Biology Laboratory, Grenoble, FRA)

11:45 - 12:30

Functional screening with base editorsTom BENEKE (University of Würzburg, DEU)

17:30 - 18:15

Studies of liquid-liquid phase separation Joana CORREIRA FARIA (University of York, UK)

12:30 - 14:00

Lunch

20:00

Dinner

Tuesday June, 9th 2026

SESSION 3

Harnessing epitranscriptomics for applications in clinic and industry

SESSION 2

Current methods for studying RNA modifications

Sequencing based methods for mapping RNA modifications Yuri Motorin (IMoPA, Nancy, FRA)

RNA modifications and mRNA vaccine Chantal Pichon (Université d’Orléans, FRA)

14:00 - 14:45

08:30 - 09:15

14:45 - 15:30

Epitranscriptomics in plant adaptation Jean-Marc Deragon (LGDP, Perpignan, FRA)

09:15 - 10:00

Nanopore sequencing to quantify RNA modifications Eva Maria Novoa (CRG, Barcelona, ESP)

10:00 - 10:30

Coffee break

15:30 - 16:00

Coffee break

10:30 - 11:15

Harnessing mass spectrometry for analyzing RNA chemistry in clinic Alexandre David (IRCM, Montpellier, FRA)

16:00 - 16:45

Targeting the epitranscriptome. François Fuks (ULB, Bruxelles, BE)

17:00 - 19:30

Tour in Bordeaux with speakers

11:15 - 12:00

Integrating epitranscriptomics data Eric Rivals (LIRMM, Montpellier, FRA)

19:30

Dinner

12:00 - 14:00

Lunch

Jan KADLEC

Responsable d'équipe de recherche

UMR5075 - Institut de Biologie Structurale (IBS) - Grenoble

Friday November, 6th 2026

SESSION 4

Host-parasite interactions

08:30 - 09:15

Microvessels-on-chip to probe host-parasite interactions Maria BERNABEU (European Molecular Biology Laboratory, Barcelona, ESP)

09:15 - 10:00

CRISPR tools for host-pathogen interactions in Malaria Ellen BUSHELL (Umea University, SWE)

10:00 - 10:30

Coffee break

10:30 - 11:15

CRISPR tools for the identification of host factorsAdam SATERIALE (Francis Crick Institute, London, UK)

Organoids for host-pathogen interaction studies David SMITH (Moredun Research Institute, UK)

11:15 - 12:00

Molecular parasitology from a clinician’s perspective Valentin GREIGERT (University of Reims, FRA)

12:00 - 12:45

12:00 - 14:00

Lunch

14:00

Departure

The Phase II workshops will provide hands-on experience tailored to support the participants with tools to advance their own research. Distinct workshops will focus on specific topics (I: advanced sequencing techniques, II: genome organisation, III: biochemistry and structural biology) that the participants can apply to their own projects. Ample discussion with course leaders will help to adapt the workflows to the individual needs. Participants will be invited to apply with their particular project to one of the Phase II Ateliers and will be chosen to best fit in the different practical sessions. SELECTION: 10 trainees for Paris (5 for Advanced sequencing techniques & 5 for Genome organization) and 8 trainees for Grenoble (Biochemistry and structural biology) will be selected among Phase I participants.

programme PHASE II

Wednesday May, 27th 2026

Reception of participants

15:30 - 16:00

16:00 - 16:15

Welcome and presentation by the organizers

SESSION 1

Organ on chip technology

16:15 - 17:00

Keynote speaker Peter Loskill (University of Tubingen, DEU)

17:00 - 17:30

Coffee break

17:30 - 18:15

Imaging analysis for OOCGaëlle Recher (University of Bordeaux, FRA)

18:15 - 19:00

MEA in OOC Peter D. Jones (University of Tubingen, DEU)

19:30

Dinner with the speakers

One or two poster sessions are planned; the exact format will be determined basedon the number of poster presenters.

TARIF PHASE II

Si vous souhaitez participer à la phase pratique (phase II), vous devez obligatoirement suivre la phase théorique (phase I).• Employeur Inserm : 80 € / jour • Personnel du secteur public ou académique : 130 € / jour • Personnel du secteur industriel : 250 € / jour Les frais d'inscription de la phase II n'incluent pas les frais de mission (transport, hébergement et restauration). RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l'Inserm, la phase II (frais d'inscription, de transport, d'hébergement et de restauration) peut être prise en charge par la formation continue de l'inserm. Après confirmation de votre participation à la phase II, nous vous invitons à contacter la Responsable Formation de votre Délégation Régionale.

Monday October, 5th 2026

Reception of participants

14:30 - 15:00

15:00 - 15:15

Welcome and presentation by the organizers

SESSION 1

Cytometry data pre-processing

15:15 - 16:00

Selection of high-quality cytometry data Annelies Emmaneel (VIB, Ghent, BE)

16:00 - 16:30

Coffee break

16:30 - 17:15

Normalization, transformation and scaling of cytometry data Raphael Gottardo (University of Lausanne, CHE)

17:15 - 18:00

Experimental design, quality controls and batch correction Sofie van Gassen (VIB, Ghent, BEL)

18:00 - 19:00

Panel discussion

19:00 - 19:15

Posters Presentation

19:15

Cocktail Dinner & Posters Session

TARIF PHASE I

Les frais d'inscription pourront uniquement être acquittés par : • Transfert de coût sur le logiciel SIFAC+ (pour les personnes travaillant dans une structure Inserm) • Bon de commande • Virement bancaire • Paiement en ligne

Les frais de transport restent à votre charge.

Avec hébergement Chambre double**2 nuits

Avec hébergement Chambre simple2 nuits

Sanshébergement *

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans une structure Inserm

700 €

560 €

350 €

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans un autre établissement(CNRS, Institut Curie, Hôpital, Université, Institut Pasteur, CEA, INRA)

810 €

460 €

670 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

160 €

510 €

370 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

1 000 €

1 350 €

1 210 €

* Les frais d'inscription incluent uniquement la restauration (déjeuners et diners).** Chambre partagée avec un autre participant.

Monday June, 8th 2026

Reception of participants

14:00 - 14:30

14:30 - 14:45

Welcome and presentation by the organizers

SESSION 1

The epitranscriptome: the case of mRNA

14:45 - 15:30

Re-discovering epitranscriptomics: state of the art Anne Willis (University of Cambridge, UK)

15:30 - 16:15

RNA Editing in health and disease Michael Jantsch (University of Vienna, AUT)

16:15 - 17:00

Coffee break

17:00 - 17:45

Characterizing 5-methylcytosine in mammals Michaela Frye (DKFZ, Heidelberg, DEU)

17:45 - 18:30

Decoding mRNA cap complexity Victoria Cowling (Beatson Institute, Glasgow, GB-SCT)

18:30 - 19:00

Wine testing (with local producers)

19:30

Dinner with the speakers

TARIF PHASE I

Les frais d'inscription pourront uniquement être acquittés par : • Transfert de coût sur le logiciel SIFAC+ (pour les personnes travaillant dans une structure Inserm) • Bon de commande • Virement bancaire • Paiement en ligne

Les frais de transport restent à votre charge.

Avec hébergement Chambre double**2 nuits

Avec hébergement Chambre simple2 nuits

Sanshébergement *

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans une structure Inserm

670 €

530 €

350 €

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans un autre établissement(CNRS, Institut Curie, Hôpital, Université, Institut Pasteur, CEA, INRA)

780 €

460 €

640 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

160 €

480 €

340 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

1 000 €

1 320 €

1 180 €

* Les frais d'inscription incluent uniquement la restauration (déjeuners et diners).** Chambre partagée avec un autre participant.

Wednesday May, 27th 2026

Reception of participants

15:30 - 16:00

16:00 - 16:15

Welcome and presentation by the organizers

SESSION 1

Imaging modalities and contrast agents

16:15 - 17:00

Magnetic Resonance Imaging (MRI), paramagneticand superparamagnetic contrast agents Sophie LAURENT - Thomas VANGIJZEGEM (Mons University, Mons, Belgium)

17:00 - 17:30

Coffee break

17:30 - 18:15

Magnetic Particle Imaging (MPI) and tracers Paula FOSTER (Robarts Research Institute, Ontario, Canada)

18:15 - 19:00

PET, SPECT and radioisotopes Jordi LLOP (CIC BiomaGUNE, San Sebastian, Spain)

19:30

Dinner

One or two poster sessions are planned; the exact format will be determined basedon the number of poster presenters.

Laurent VENANCE

Directeur de recherche

Inserm U1050 - Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB) - Paris

Modalités d'inscription

Cliquez sur "INSCRIPTION" puis identifiez-vous Agent Inserm : email inserm et Mot de passe Non Inserm : créer votre compte d’acces Completer le formulaire d’inscription avant la date limite. Après cette date limite, vous recevrez un mail dans les 15 jours vous indiquant si vous êtes retenu ou non. • En cas d’acceptation de votre demande, vous devrez nous renvoyer votre dossier administratif accompagné du règlement des frais d’inscription. • A réception de votre dossier complet, vous recevrez une confirmation d’inscription validant votre participation de manière définitive. RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l’Inserm : • La phase I est prise en charge sur le budget de fonctionnement de l’unité. • La phase II peut être prise en charge par la formation continue de l’Inserm.

+ OBJECTIF

• sensibiliser la communauté scientifique nationale et internationale aux technologies et thématiques émergentes ; • favoriser le transfert de connaissances et de savoir-faire ; • permettre aux participants d’évaluer l’intérêt et la faisabilité de nouvelles approches pour leurs projets de recherche ; • encourager les échanges et les interactions entre spécialistes et participants

Wednesday June, 10th 2026

SESSION 4

The epitranscriptome in non-coding RNAs

08:30 - 09:15

Pseudouridine, the “fifth” nucleotide Davide Ruggero (UCSF, San Francisco, USA)

09:15 - 10:00

The oncogenic ribosome Virginie Marcel (CRCL, Lyon, FRA)

10:00 - 10:30

Coffee break

10:30 - 11:15

How RNA modifications shape tRNA function Tao Pan (University of Chicago, Chicago, USA )

Connecting epitranscriptomics with codon-dependent translation regulation Pierre Close (GIGA, Liège, BE)

11:15 - 12:00

12:00 - 14:00

Lunch

14:00

Departure

2021

2019

2018

2021

2019

2018

249 - Multidimensional imaging and quantitative Analysis of cell dynamic’s: focus on traffic and cell migration251 - Non coding RNA: from detection to function 252 - DNA/RNA nanotechnology: biological and biomedical applications 253 - Organ-on-chip: understanding and mimicking living organisms for better treatment 254 - Principles and Methods of Population Health Intervention Research

260 - CRISPR-Cas9 : nouvelles avancées et défis futurs 261 - Avancées récentes dans l'analyse statistique des données de survie 264 - Clarification optique : échantillons, image et analyse 265 - Les nouveaux enjeux du séquençage sur cellule unique : intégration multi-omique dans l'espace et le temps 266 - Introduction à l'apprentissage automatique de la Biologie à la Santé B 262 - Spectrométrie de Masse pour la Biologie Structurale

250 - Intracellular dynamics of molecules: analysis and models 255 - Recent developments in the analysis of patient-reported outcomes and psychometric data in health 256 - Glycosaminoglycan (GAG) biology: newest advances in basic research, technological developments and clinical applications 258 - 3D bioprinting and biofabrication: from cellular models to tissue engineering applications 259 - Introduction à la neuropsychiatrie computationnelle : du cerveau à la cognition avec une approche quantitative -ANNULE

249 - Multidimensional imaging and quantitative Analysis of cell dynamic’s: focus on traffic and cell migration251 - Non coding RNA: from detection to function 252 - DNA/RNA nanotechnology: biological and biomedical applications 253 - Organ-on-chip: understanding and mimicking living organisms for better treatment 254 - Principles and Methods of Population Health Intervention Research

260 - CRISPR-Cas9 : nouvelles avancées et défis futurs 261 - Avancées récentes dans l'analyse statistique des données de survie 264 - Clarification optique : échantillons, image et analyse 265 - Les nouveaux enjeux du séquençage sur cellule unique : intégration multi-omique dans l'espace et le temps 266 - Introduction à l'apprentissage automatique de la Biologie à la Santé B 262 - Spectrométrie de Masse pour la Biologie Structurale

250 - Intracellular dynamics of molecules: analysis and models 255 - Recent developments in the analysis of patient-reported outcomes and psychometric data in health 256 - Glycosaminoglycan (GAG) biology: newest advances in basic research, technological developments and clinical applications 258 - 3D bioprinting and biofabrication: from cellular models to tissue engineering applications 259 - Introduction à la neuropsychiatrie computationnelle : du cerveau à la cognition avec une approche quantitative -ANNULE

+ ANIMATION

• Les Ateliers de l’Inserm sont animés par des scientifiques nationaux et internationaux, reconnus pour leur expertise dans le domaine abordé.

• Les échanges et les présentations se déroulent en anglais, afin de favoriser la participation de la communauté scientifique internationale.

• Les thématiques sont sélectionnées chaque année par le Comité Scientifique des Ateliers (CSA) et validés Direction générale de l’Inserm.

Anne-Louise LEUTENEGGER

Chargée de recherche

Inserm U1018 - Centre de Recherche en Épidémiologie et Santé des Populations (CESP) - Paris

+ MISSIONS

• Proposer des thématiques et des experts à partir d’une veille sur l’évolution des problématiques de recherche.

• Participer aux réunions clés (prospective, présélection, sélection).

• Accompagner les organisateurs dans la constitution du dossier relatif à leur projet d’Atelier.

• Transmettre aux organisateurs pressentis les retours et propositions du Comité.

• Assurer le lien entre les organisateurs et le pôle national des Ateliers de l’Inserm, notamment pour la validation du programme et des supports de communication.

• Relayer l’information sur les Ateliers dans leur réseau.

Véronique DECROCHE-GAMONET

Responsable d'équipe de recherche

Inserm U1215 - Neurocentre Magendie - Bordeaux

Hélène JACQMIN - GADDA

Directrice de recherche

Inserm U1219 - Centre Bordeaux Population Health (BPH) - Bordeaux

+ DÉROULEMENT

• Phase I – Phase théorique : Cette phase permet de faire le point sur une technique ou une problématique émergente. Elle se déroule en résidentiel sur 2,5 jours et accueille jusqu’à 80 participants.

• Phase II – Phase pratique : Cette phase a pour objectif l’acquisition pratique d’une technique présentée lors de la phase théorique. Elle se déroule en laboratoire sur une durée de 2 à 5 jours et est réservée aux participants de la Phase I (places limitées selon la capacité d’accueil du laboratoire).

Hervé LUCHE

Directeur scientifique

Inserm US012 - Centre d’Immunophénomique (CIPHE) - Marseille

TARIF PHASE II

Si vous souhaitez participer à la phase pratique (phase II), vous devez obligatoirement suivre la phase théorique (phase I).• Employeur Inserm : 80 € / jour • Personnel du secteur public ou académique : 130 € / jour • Personnel du secteur industriel : 250 € / jour Les frais d'inscription de la phase II n'incluent pas les frais de mission (transport, hébergement et restauration). RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l'Inserm, la phase II (frais d'inscription, de transport, d'hébergement et de restauration) peut être prise en charge par la formation continue de l'inserm. Après confirmation de votre participation à la phase II, nous vous invitons à contacter la Responsable Formation de votre Délégation Régionale.

2025

282 - Bonnes pratiques et avancées récentes en analyses causales 283 - Tomographie cryo-électronique : connecter les échelles du vivant 284 - Dernières avancées dans l'imagerie embarquée de l'activité neuronale chez le petit animal 285 - Le sucre et la vie : émergence de la glycobiologie en santé et physiopathologie 286 - Impact des approches spatiales multi-omiques pour la recherche fondamentale et clinique 287 - Lipidomique : principes et application dans le domaine de la santé

13:45 - 14:30

Cytolytic: One stream automatic solution for your analysis Can Pinar (Cytolytics, Berlin, DE), Benjamin Tast (LMU-BMC, Munich, DE)

Thuesday October, 6th 2026

14:30 - 15:15

METAFlow: Augmented intelligence-driven analysis solution Vincent Petit (METAFlow, Paris, FRA) Mar Naranjo-Gomez (IRMB INSERM, Montpellier, FRA)

SESSION 2

Cytometry data unsupervised analysis

TerraFlow: Supervised analysis from the FCS to the scientific report Arielle Ginsberg (TerraFlow, New York, USA) & Sonia Gavasso (University of Bergen, Norway)

15:15 - 16:00

08:30 - 09:15

Dimension Reduction: how to use it properly. Anna Belkina (Boston University, USA)

09:15 - 10:00

Clustering: use, limits and control. Yvan Saeys (VIB, Ghent, BEL)

16:00 - 16:45

Round Table

16:45 - 17:00

Coffee break

10:00 - 10:30

Coffee break

SESSION 4

Cell annotation

10:30 - 11:15

Clustering & Dimension Reduction: making most of them. Jonathan Irish (Vanderbilt University, Nashville, USA)

17:15 - 17:30

Introduction to cell annotation Alexia Alfaro (Institut Gustave Roussy, Paris, FRA)

11:15 - 12:00

Panel discussion

17:30 - 18:15

Global Standardization of Immune Cell Population Identification and Semantic Annotation Ryan Brinkman (BC Cancer Agency, Vancouver, CNA)

12:00 - 13:00

Lunch

SESSION 3

Automated gating and machine learning

18:15 - 19:00

Global Standardization by arithmetization Antonio Cosma (Luxembourg Institute of Health, Esch-sur-Alzette, LUX)

StarGate, rigorous repetitive analyses with standardized gating strategies Martin Mestdagh (Institut Curie, Paris, FRA)

13:00 - 13:45

19:30 - 20h15

Cocktail

20:15

Dinner

Sebastien LAMY

Chercheur

Inserm U1295 - Centre d'Epidémiologie et de Recherche en santé des POPulations (CERPOP) - Toulouse

2021

2019

2018

249 - Multidimensional imaging and quantitative Analysis of cell dynamic’s: focus on traffic and cell migration251 - Non coding RNA: from detection to function 252 - DNA/RNA nanotechnology: biological and biomedical applications 253 - Organ-on-chip: understanding and mimicking living organisms for better treatment 254 - Principles and Methods of Population Health Intervention Research

260 - CRISPR-Cas9 : nouvelles avancées et défis futurs 261 - Avancées récentes dans l'analyse statistique des données de survie 264 - Clarification optique : échantillons, image et analyse 265 - Les nouveaux enjeux du séquençage sur cellule unique : intégration multi-omique dans l'espace et le temps 266 - Introduction à l'apprentissage automatique de la Biologie à la Santé B 262 - Spectrométrie de Masse pour la Biologie Structurale

250 - Intracellular dynamics of molecules: analysis and models 255 - Recent developments in the analysis of patient-reported outcomes and psychometric data in health 256 - Glycosaminoglycan (GAG) biology: newest advances in basic research, technological developments and clinical applications 258 - 3D bioprinting and biofabrication: from cellular models to tissue engineering applications 259 - Introduction à la neuropsychiatrie computationnelle : du cerveau à la cognition avec une approche quantitative -ANNULE

Max MAURIN

Enseignant-Chercheur

IProfesseur des Universités - Praticien Hospitalier Chef de Service Bactériologie au CHU Grenoble Alpes - Grenoble

The Phase II workshops will provide hands-on experience tailored to support the participants with tools to advance their own research. Distinct workshops will focus on specific topics (I: advanced sequencing techniques, II: genome organisation, III: biochemistry and structural biology) that the participants can apply to their own projects. Ample discussion with course leaders will help to adapt the workflows to the individual needs. Participants will be invited to apply with their particular project to one of the Phase II Ateliers and will be chosen to best fit in the different practical sessions. SELECTION: 10 trainees for Paris (5 for Advanced sequencing techniques & 5 for Genome organization) and 8 trainees for Grenoble (Biochemistry and structural biology) will be selected among Phase I participants.

programme PHASE II

TARIF PHASE I

Les frais d'inscription pourront uniquement être acquittés par : • Transfert de coût sur le logiciel SIFAC+ (pour les personnes travaillant dans une structure Inserm) • Bon de commande • Virement bancaire • Paiement en ligne

Les frais de transport restent à votre charge.

Avec hébergement Chambre double**2 nuits

Avec hébergement Chambre simple2 nuits

Sanshébergement *

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans une structure Inserm

700 €

560 €

350 €

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans un autre établissement(CNRS, Institut Curie, Hôpital, Université, Institut Pasteur, CEA, INRA)

810 €

460 €

670 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

160 €

510 €

370 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

1 000 €

1 350 €

1 210 €

* Les frais d'inscription incluent uniquement la restauration (déjeuners et diners).** Chambre partagée avec un autre participant.

TARIF PHASE I

Les frais d'inscription pourront uniquement être acquittés par : • Transfert de coût sur le logiciel SIFAC+ (pour les personnes travaillant dans une structure Inserm) • Bon de commande • Virement bancaire • Paiement en ligne

Les frais de transport restent à votre charge.

Avec hébergement Chambre double**2 nuits

Avec hébergement Chambre simple2 nuits

Sanshébergement *

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans une structure Inserm

700 €

540 €

350 €

CR / DR / IR / MCUPH / PUPH / PH / MCU / PU travaillant dans un autre établissement(CNRS, Institut Curie, Hôpital, Université, Institut Pasteur, CEA, INRA)

810 €

460 €

650 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

160 €

510 €

350 €

IE / AI / TR / Doctorant / Post-doc / Master 2

1 000 €

1 350 €

1 190 €

* Les frais d'inscription incluent uniquement la restauration (déjeuners et diners).** Chambre partagée avec un autre participant.

Wednesday June, 10th 2026

SESSION 4

Organ on chip for modelling Infectious diseases & immunity

08:30 - 09:15

Malaria infection & BBB on chip Maria Bernabeu Aznar (EMBL, Barcelona, ESP)

09:15 - 10:00

OoC immunity Linda Griffith (MIT, Boston, USA)- to be confirmed

10:00 - 10:30

Coffee break

10:30 - 11:15

TB infection & Lung on chipVivek Thacker (Heidelberg University Hospital, DEU)

Gut on chip & infection Alexander Mosig (University Hospital Jena, DEU)

11:15 - 12:00

12:00 - 14:00

Lunch

14:00

Departure

Modalités d'inscription

Cliquez sur "INSCRIPTION" puis identifiez-vous Agent Inserm : email inserm et Mot de passe Non Inserm : créer votre compte d’acces Completer le formulaire d’inscription avant la date limite. Après cette date limite, vous recevrez un mail dans les 15 jours vous indiquant si vous êtes retenu ou non. • En cas d’acceptation de votre demande, vous devrez nous renvoyer votre dossier administratif accompagné du règlement des frais d’inscription. • A réception de votre dossier complet, vous recevrez une confirmation d’inscription validant votre participation de manière définitive. RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l’Inserm : • La phase I est prise en charge sur le budget de fonctionnement de l’unité. • La phase II peut être prise en charge par la formation continue de l’Inserm.

TARIF PHASE II

Si vous souhaitez participer à la phase pratique (phase II), vous devez obligatoirement suivre la phase théorique (phase I).• Employeur Inserm : 80 € / jour • Personnel du secteur public ou académique : 130 € / jour • Personnel du secteur industriel : 250 € / jour Les frais d'inscription de la phase II n'incluent pas les frais de mission (transport, hébergement et restauration). RAPPEL : Pour les agents rémunérés par l'Inserm, la phase II (frais d'inscription, de transport, d'hébergement et de restauration) peut être prise en charge par la formation continue de l'inserm. Après confirmation de votre participation à la phase II, nous vous invitons à contacter la Responsable Formation de votre Délégation Régionale.